Yargıtay’ın bozma kararının ardından görülen 235 sanıklı Ergenekon davasında, “Ergenekon örgütünü kurma”, “yönetme” suçundan tüm sanıklara beraat etti. Alparslan Arslan’a ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası verilirken, sanıklar Osman Yıldırım, Erhan Timuroğlu ve İsmail Sağır’a müebbet hapis cezası verildi.
Yasayla kapatılan dönemin özel yetkili İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesince 5 Ağustos 2013’te verilen kararda, eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral İlker Başbuğ müebbet, Vatan Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek ağırlaştırılmış müebbet, emekli Tuğgeneral Veli Küçük 2 kez ağırlaştırılmış müebbet ve 99 yıl hapis, Tuncay Özkan ağırlaştırılmış müebbet ve diğer suçlardan 22 yıl 6 ay hapis, emekli Orgeneral Hurşit Tolon müebbet, Danıştay saldırısının faili Alpaslan Arslan 2 kez ağırlaştırılmış müebbet, avukat Kemal Kerinçsiz ağırlaştırılmış müebbet, Mehmet Haberal 12 yıl 6 ay, Mustafa Balbay 34 yıl 8 ay hapis, Sinan Aygün 13 yıl 6 ay hapis cezasına çarptırılmıştı. Diğer sanıklar da çeşitli oranlarda hapis cezasına mahkum edilmişti.
